O espólio é formado essencialmente por coleções de instrumentos de navegação, estrutura do navio (janela, governadora de leme, roldana, pinos, etc), canhões e outros materiais bélicos, moedas variadas, ânforas e formas de açúcar, marfim e ossos, assessórios de uso pessoal (relógios de bolso, contas, botões de punho, fivelas, estojos de manicura, cachimbo, tabaqueiro, etc.), fragmentos de cerâmica, utensílios de cozinha, correntes e algemas, para além de artefatos que representam a vida a bordo das embarcações (garrafas de vinho e conhaque, garrafas com produtos medicinais, almofarizes, frascos, seringas e materiais de higiene pessoas (escovas de dentes, penico, jarro etc.) e vestígios dos primeiros assentamentos humanos na Cidade Velha, Trindade e Baia de Alcatraz – Nossa Senhora da Luz, seu modo de vida social, cultural e religioso.