O espólio patente no museu de arqueologia, é testemunho da importância histórica de Cabo Verde enquanto ponto de passagem obrigatória das embarcações de várias paragens, entre os séculos. XV-XIX, tornando o arquipélago intimamente ligado à evolução das rotas comerciais, que se desenvolveram a partir do século XV.

O espaço museológico dispõe de uma sala de exposição permanente, uma reserva, uma sala multiuso, uma sala de conservação e três outras destinadas aos serviços técnicos. 

O seu acervo é proveniente das escavações arqueológicas subaquáticas levadas a cabo por duas empresas internacionais de arqueologia subaquática, em parceria com o Governo de Cabo Verde, tendo a primeira ocorrida entre 1992 e 1995 e a segunda entre 1995 a 2001.

A exposição permanente deste museu é constituída por um riquíssimo acervo no qual se destacam: a réplica do Astrolábio Ibérico do Séc. XVII; moedas de prata, moedas suecas (chapas de cobre); garrafa de conhaque e vinho do Porto; canhões de bronze; peças de joalharia e relógios de bolso; manilas de bronze; um tinteiro de vidro; botões de punho; um sininho de prata, entre outras peças, também interessantes de serem vistas.

A sala de exposição tem um percurso acessível está subdividida por diferentes categorias dos objetos encontrados nos vários navios como:

• Princess Louisa (1743), Inglês; Dromadaire (1762), Françês.; Leijmuiden (1770), Holandês; Hartwell (1787), Inglês; Lady Burgess (1806), Inglês e Yorktown (1850), USA.

Mas também encontram-se embarcações sem identificação que foram classificadas de acordo com a localização dos naufrágios:

• Varandinha (aprox.1850); Ancoradouro Cidade Velha (entre 1500 e 1750) e naufrágio de São Francisco (1650);

Encontram-se ainda expostos objetos especiais como marfim, e uma coleção de Ânforas e de Canhões.